Der Richter Javier Gomez Bermudez verhängte in Madrid jeweils Strafen von fast 40.000 Jahren Gefängnis, was in Spanien bedeutet, das sie eine Haftstrafe von 40 Jahren verbüßen müssen. Einer der mutmaßlichen Drahtzieher wurde überraschend freigesprochen; insgesamt gab es sieben Freisprüche. Regierungschef José Luis Rodriguez Zapatero sagte, es sei „Gerechtigkeit geübt“ worden. Am Morgen des 11. März 2004 waren in vier Pendlerzügen zehn Bomben explodiert. 191 Menschen wurden getötet und 1841 weitere verletzt.
Bei den zu Höchststrafen Verurteilten handelte es sich um die Marokkaner Jamal Zougam und Othman el-Gnaoui sowie den Spanier José Emilio Suarez Trashorras. Sie wurden des vielfachen Mordes und versuchten Mordes schuldig gesprochen. Das Gericht sah es als erwiesen an, dass Zougam einer der Bombenleger war. Die beiden anderen hätten Sprengstoff besorgt. Allen 21 Verurteilten bleiben fünf Tage zur Berufung.
Für eine handfeste Überraschung sorgte das Gericht in Madrid mit dem Freispruch für Rabei Usman Sajed Ahmed alias Mohammed der Ägypter. Ahmed galt als einer der Drahtzieher. Er wurde 2004 in Italien verhaftet und wegen Mitgliedschaft in einer terroristischen Vereinigung zu einer mehrjährigen Haftstrafe verurteilt. Zwei weitere mutmaßliche Anführer der Attentäter wurden von dem Vorwurf der Drahtzieherschaft freigesprochen. Sie erhielten stattdessen 20 Jahre Haft für ihre Mitgliedschaft in einer terroristischen Vereinigung.
Bereits im Verlauf des Prozesses wurde die Anklage gegen einen der anfangs 29 Angeklagten, einen Marokkaner, mangels Beweisen fallengelassen. Der Prozess hatten von Mitte Februar bis Anfang Juli gedauert. Die Verhandlungstage genauso wie die Urteilsverkündung wurden fast ausnahmslos live im Fernsehen übertragen. Rund 300 Zeugen und 60 Fachleute wurden befragt. Die Staatsanwaltschaft forderte für die 28 Angeklagten ein Strafmaß in der Rekordhöhe von insgesamt 311.865 Jahren Haft. Spaniens Strafrecht sieht die Addition sämtlicher Einzelstrafen vor, allerdings liegt die maximale Haftzeit bei 40 Jahren.
Sieben mutmaßliche Drahtzieher der Anschläge konnten nicht vor Gericht gestellt werden. Sie hatten sich drei Wochen nach der Tat in der Nähe von Madrid in die Luft gesprengt, nachdem die Polizei ihren Aufenthaltsort umstellt hatte.
Die Anschläge vom 11. März waren die schwersten Attentate in Europa, seit 1988 Terroristen einen PanAm-Jumbos über der schottischen Ortschaft Lockerbie zum Absturz brachten und insgesamt 270 Menschen an Bord und am Boden umkamen. Zu den Madrider Anschlägen hatte sich das Terrornetzwerk El Kaida bekannt.
Bei der Urteilsverkündung wurde erneut darauf hingewiesen, dass die baskische Terrorganisation ETA nichts mit den verheerenden Anschlägen vom 11. März zu tun hat. Die konservative Volkspartei PP hatte bis zum Ende des Prozesses darauf beharrt, dass möglicherweise auch die ETA in die Attentate verwickelt war, eine Behauptung, die sie 2004, drei Tage nach den Anschlägen, bei den Parlamentswahlen zu Fall gebracht hatte. Für die manipulative Informationspolitik der PP wurde die Regierung schließlich abgewählt. Seitdem regiert der Sozialist José Luis Zapatero das Land.
